РАЗРАБОТКА МЕТОДА ИНДЕКСАЦИИ МНОЖЕСТВЕННЫХ КОНФОРМАЦИЙ ЛИГАНДОВ ДЛЯ ЗАДАЧ ВИРТУАЛЬНОГО СКРИНИНГА
Вайсман Елизавета Анатольевна
Новосибирский государственный университет
Аннотация. Для обеспечения прогноза о наличии у лиганда конформации, пространственно комплементарной сайту связывания целевого белка, при решении задач виртуального скрининга баз химических веществ был исследован новый метод построения многоконформационных структурных 4D-QSAR дескрипторов химических соединений. В отличие от традиционных 4D-QSAR подходов, учитывающих конформационную подвижность лиганда, но зачастую страдающих от "информационного шума", возникающего при увеличении числа конформаций, данный метод позволяет бороться с информационным шумом за счет использования в своей структуре модификации фильтра Блума.
Ключевые слова и фразы: фильтр Блума, 4D-QSAR, множество конформаций, ансамбль конформеров, виртуальный скрининг, структурный дескриптор
Открыть полный текст статьи в формате PDF. Бесплатный просмотрщик PDF-файлов можно скачать .
Список литературы:
Bloom B. Space/Time Tradeoffs in Hash Coding with Allowable Errors // Communications of the ACM. 1970. Vol. 13. P. 422-426.
Broder A., Mitzenmacher M. Network Applications of Bloom Filters: a Survey // Internet Mathematics. 2004. № 1 (4). P. 485-509.
Hopfinger A., Wang S., Tokarski J., Jin B., Albuquerque M., Madhav P., Duraiswami C. Construction of 3D-QSAR Models Using the 4D-QSAR Analysis Formalism // Journal of the American Chemical Society. 1997. Vol. 119. P. 10509-10524.
Koes D. R., Camacho C. J. Pharmer: Efficient and Exact Pharmacophore Search // Journal of Chemical Information and Modeling. 2011. Vol. 51. P. 1307-1314.
Stranneheim H., Kaller M., Allander T., Andersson B., Arvestad L., Lundeberg J. Classification of DNA Sequences Using Bloom Filters // Bioinformatics. 2010. № 26 (13). P. 1595-1600.
Vainio M. J., Johnson M. S. Generating Conformer Ensembles Using a Multiobjective Genetic Algorithm // Journal of Chemical Information and Modeling. 2007. Vol. 47. P. 2462-2474.
English
